O texto explica o processo político-institucional que resultou na reconfiguração institucional do setor federal de transportes consubstanciada na Lei no 10.233, de 5 de junho de 2001, que criou as duas agências reguladoras autônomas vinculadas ao Ministério dos Transportes, a Agência Nacional de Transportes Terrestres (ANTT) e a Agência Nacional de Transportes Aquaviários (ANTAQ). Utilizando-se a abordagem teórica do institucionalismo histórico da ciência política contemporânea e o método de rastreamento de processos (process tracing), a análise mostra como a sequência do processo de reforma no tempo e a atuação do mecanismo de policy feedback delinearam um tipo específico de mudança institucional, caracterizado pela introdução de novas regras e organizações sobre as preexistentes (layering).Os processos de desestatização no setor federal de transportes iniciaram-se na ausência de um marco regulatório reestruturado e das estruturas organizacionais ajustadas à nova situação. Assim, o processo de reforma seguiu as trajetórias históricas de constituição dos subsetores, sem preocupação com a integração entre as diversas modalidades. O resultado foi a criação de interesses que se cristalizaram nas instituições recém-configuradas. Deste odo, o mecanismo de policy feedback atuou sob duas maneiras: reforçando os interesses criados pelos arranjos institucionais existentes (caso do subsetor portuário, pós-reforma de 1993) e ativando reações contrárias de atores às novas regras do jogo (caso da navegação marítima pós-liberalização dos anos de 1990). O “efeito reforço” levou alguns atores a pressionar pela manutenção do arranjo existente; o “efeito contrarreação” induziu outros atores a construírem suas capacidades políticas, a fim de instituírem uma alternativa viável para o status quo institucional. Como a discussão da reestruturação regulatória do setor se deu na arena do Congresso, esses interesses tangenciaram-se, viabilizando uma coalizão que logrou impor suas preferências: a criação de uma agência específica para o transporte aquaviário (a ANTAQ), diferentemente das intenções iniciais do Poder Executivo. Palavras-chave: Transportes, mudança institucional, agências reguladoras, mecanismo de policy feedback, institucionalismo histórico.